Dünyanın birçok bölgesinde tüberküloz, kanser ve gastrointestinal rahatsızlıklarda destek tedavi amaçlı olarak kullanılmaktadır. Kefirin mide ve pankreas gibi bazı organların salgılarını artırdığı gibi sinirsel rahatsızlıklara, iştahsızlığa ve uykusuzluğa karşı iyi geldiği de bilinmektedir. Kefir içerdiği esansiyel amino asitlerden triptofan yanında Ca ve Mg minerallerinden de zengin olması sinir sistemini rahatlatmasında etkili rol oynar. Bu nedenle depresyon, uyku bozuklukları, dikkat eksikliği, hiperaktivite bozukluğu olanlarda kullanılmaktadır.
Kefir yüksek oranda orotik asit içerir. Bu organik asit; kolesterolün biosentezini engellemede, karaciğeri korumada, nükleik asitlerin sentezinde ve proteinlerden yararlanmada büyük öneme sahiptir
Kefir, mutasyon ve DNA hasarını azaltarak, kanser oluşumuna zemin hazırlayan enzimlerin aktivitelerini düşürerek, kanser yapan maddeleri etkisizleştirerek, kısa zincirli yağ asitlerinin üretiminin artması ve asiditenin artmasını sağlayarak ve kanserli hücre intiharını hızlandırarak antikanserojen etki göstermektedir.
Vücutta sentezlenen ve gıdalarla alınan kolesterol, safra asitlerine dönüşür. Lb. acidophilus gibi bazı bağırsak bakterileri oluşan bu safra asitlerini parçalama yeteneğine sahiptir. Parçalanan safra asitleri, lipitlere oranla daha kolay emilir. Bu nedenle de kan kolesterol düzeyinde azalma meydana geldiği belirtilmektedir.
Yüksek besin değeri ve sağlık üzerine etkilerinden dolayı prematüre bebeklerin, çocukların, hamilelerin, bakıma muhtaç kişilerin, destek tedaviye ihtiyacı olanların, laktoz intolerans kişilerin ve yaşlıların günlük diyetlerinde kefir tüketmeleri tavsiye edilir.
Kefirin içeriğinde bulunan canlı organizmalar(probiyotik bakteriler) bağırsaklarımızın doğal yapısında bulunan faydalı bakterilerdir. Bu faydalı bakteriler bağırsaklarımızdaki zararlı bakterilerin çoğalmasını önleyerek bağışıklık sistemimizin güçlenmesine yardımcı olurlar. Kefirin düzenli kullanımı bütün bağırsak bozukluklarını hafifletmeye yardımcıdır, gaz oluşumunu azaltır, bağırsak hareketlerini düzenler, sağlıklı bir sindirim sistemi oluşumuna katkıda bulunur.
Glisemik indeksi çok düşüktür ve kan şekerinde ani dalgalanmalara neden olmayan kefir uzun süren tokluğa ve dolayısıyla kilo kontrolüne yardımcıdır. Yapılan araştırmalara göre kan basıncının düzenlenmesinde etkilidir.
Vücutta çıkan yaraların iyileşmesini hızlandırır, cildin yaşlanmasını geciktirir. Antibiyotik tedavisinden sonra iç ekosistemi yeniden yapılandırmaya yardımcı olur, bu açıdan AIDS, kronik yorgunluk ve kanserli hastalarda kullanımı yaygındır.
Ayrıca zayıflama diyetlerinde kefir tüketilmesi, içerdiği kalsiyum ve protein sayesinde vücut yağ seviyesinde ve iç organlar çevresindeki yağlarda önemli derecede kayıp sağladığı yapılan çalışmalarda bildirilmiştir. Özellikle akşam ara öğününde rahatlıkla tercih edilebilir. Kefirin mayhoş tadını sevmeyenler sevdikleri bir meyveyle birlikte blenderden geçirerek kullanabilir.